死亡退職時の給与処理は以下の通りです。
死亡によって退職した人は、年の途中で行う年末調整の対象になる人に該当します。
https://www.nta.go.jp/m/taxanswer/2665.htm

年の途中で年末調整を行う場合、以下の処理が必要となります。
※注意として当年の単独年調を行った場合、今後前年の年調計算は行えなくなります。また、単独年調を行う際は退職日を入力しないで下さい。

また、今現在の源泉徴収簿、源泉徴収票を出力しておいてください。

■作業方法
①　年末調整→入力処理→処理設定の処理年を設定、処理区分：単独年調（現金精算）に変更します。
②　補正金額がある場合、年末調整→入力処理→年調項目コンソールを該当年にして上部の補正額にチェックを付けて、補正金額を入力して下さい。
　　合わせて、その他にチェックを付けて死亡退職にチェックを付けて下さい。
③　年末調整→単独年調・再年調→単独年調計算を【対象社員のみ】選択し実行して下さい。
④　源泉徴収票、源泉徴収簿をご確認頂き、内容に誤りがないかご確認下さい。（源泉徴収票、源泉徴収簿を印刷する前に退職日を入力して下さい）

補足ですが、年末調整時期に処理区分：給与年調に変更した時点で、今回の単独年調の年末調整のデータは削除されます。
再度その方の退職日を削除して頂き、支給控除額を0にするように金額を合わせてから年末調整の処理を行って下さい。