『源泉徴収票の氏名は、氏名を記載してくださいとあるだけで、正式な名前の字でという記載はないのでそちらで判断して下さい。』と税務署から回答がありましたので、略字でも問題ないと思われます。e-tax等は、使用できる文字が決められているので、特殊な文字は使用しないほうがよいのではないかと思います。
【2016.12.1　千葉税務署からの回答】