以下の手順で修正可能です。
年末調整→入力処理→給与支払報告書（総括表）情報保守の該当の市区町村を開き、所轄の税務署、給与の支払い方法及びその期日を入力すると、その内容が他の市区町村にもコピーされ、給与支払い報告書（総括表）に表示されます。