システムでは[住宅借入金等年末残高]に満額金額を入力頂いても
配偶者の連帯債務分を判断できません。
本人が受けようとする住宅控除の金額を入力頂きますようお願い致します。

例：住宅ローン残高=3950万、夫50%、妻50%ずつ連帯債務を行っている場合、
　　[住宅借入金等年末残高]には3950万に50%を掛けた
　　1975万円を入力します。

システムでは[源泉徴収票]に印刷するのに[住宅借入金等年末残高]を入力します。
以下のP.8「⑰住宅借入金等特別控除の額の内訳」に説明が記載されております。

【国税庁】令和４年.給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hotei/tebiki2022/index.htm

ゆえに、連帯債務か否かは関係なく、従業員が提出してきた『住宅借入金等特別控除申告書』の[住宅借入金等特別控除額の計算の基礎となる借入金等の年末残高]を入力します。

『給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書（以下、住宅ローン控除等申告書）』の[⑪(特定増改築等)住宅借入金等特別控除額の計算の基礎となる借入金等の年末残高]を入力頂きますようお願い致します。