源泉徴収票の記載要項から抜粋しますと、
・年末調整を行っている場合で控除対象配偶者を有している場合「有」に〇を記載
・年末調整を行っていない場合で源泉控除対象配偶者を有している場合「有」に〇を記載とありますので、年調対象者の場合で配偶者が控除対象配偶者ならば「〇」を記載し、源泉控除対象配偶者ならば空欄となります。
なお、控除対象配偶者と源泉控除対象配偶者が両立した場合は、条件を満たしていると判断される為、「〇」が付きます。